Adam Niezgódka – główny bohater książki. Ma on 12 lat. Od pół roku jest w Akademii pana Kleksa. Miał gliniane ręce, upuszczał wszystko, spóźniał się na lekcje. Rodzice musieli przenieść go do Ambrożego Kleksa, aby go nauczył rozumu.
Inni uczniowie pana Kleksa – przyjaciele Adama (było ich 23). Ich imiona zaczynały się na literę A. Wraz z Adamem akademia liczyła 24 uczniów.
Pan Kleks na imię ma Ambroży i jest bohaterem także innych książek Jana Brzechwy. Potrafi unosić się w powietrzu, przyrządzać potrawy z kolorowych szkiełek, powiększać i zmniejszać przedmioty, trzymać płomyki świec w swoich kieszeniach bez dna. Ma na twarzy kolorowe piegi i twierdzi że piegi są piękne i modne. Ubiera się w cytrynowo-żółtą kamizelkę (“Zrobioną chyba z samych kieszeni”). Uczy przedmiotów takich jak kleksografia czy przędzenie liter. Ma szpaka Mateusza. Na końcu bajki, gdy Alojzy niszczy mu sekrety, zamienia się w guzik.
Mateusz – tak naprawdę wcale nie jest szpakiem. Wymawia tylko końcówki wyrazów, np. gdy odbiera telefon, mówi: “Oszę u emia ana Eksa”, co znaczy: “Proszę tu Akademia pana Kleksa”. Kiedyś był chłopcem-księciem, który zastrzelił króla wilków, przez co kraj padł ofiarą okrutnej zemsty. Na jego nodze była rana. Za pomocą czapki bogdychanów podarowanej przez tajemniczego doktora Paj-Chi-Wo, zamienił się w ptaka i uciekł z pałacu opanowanego przez wilki. Na końcu bajki okazuje się, że Mateusz jest autorem bajki. Można go więc utożsamiać samym Janem Brzechwą.